Il y a 20 siècles, l'Estuaire de la Loire, le Lac de GrandLieu et la Brière formaient une immense lagune de 40 000 hectares, soumise à la marée. L'envasement progressif de l'Estuaire de la Loire, par accumulation des alluvions déposées par le fleuve s'est effectué lentement et naturellement. L'Estuaire est peu à peu devenu un chapelet d'îles et de bancs de sable, séparés par une multitude de "bras" du fleuve, constamment remodelés par les effets des crues et des marées, et où la navigation est difficile.
Dès le XVIIème siècle, la circulation des navires en Loire devient périlleuse, du fait de l'ensablement et de l'évolution permanente de la morphologie du chenal. La faible profondeur des eaux contraint les navires à décharger leurs marchandises à Paimboeuf d'où elles sont acheminées vers Nantes à cheval ou en gabarre. Simultanément, Nantes devient l'un des premiers ports français, grâce au commerce triangulaire et aux échanges avec les Indes. Aussi, sous la pression des commerçants et de la bourgeoisie nantaise, les premiers travaux destinés à améliorer la navigabilité en Loire sont lancés dès 1756. Ils visent à réunir les îles entre elles par des digues afin de délimiter un chenal principal navigable.
L'accumulation de sable par les premiers endiguements crée de nouveaux obstacles à la navigation. Les dragages menés en 1840 s'avèrent peu concluants. On décide alors de créer de toute pièce un canal artificiel, parallèle à la Loire, destiné à la circulation des grands voiliers dans la section du fleuve la plus difficile à franchir. Entrepris en 1862, le Canal Maritime de la Basse Loire est achevé en 1892. D'une longueur de 15 kilomètres il s'étend du Carnet à Frossay jusqu'à la Martinière, au Pellerin. Grâce à lui, le trafic maritime est multiplié par deux en quatre ans. Nantes est sauvé de la ruine. Mais le tonnage des bateaux augmente, tandis qu'on abandonne la voile pour la vapeur. 10 ans après son inauguration, le Canal est devenu obsolète. Il devient bientôt un cimetière pour les grands trois-mâts hauturiers puis, accueille après-guerre une base de l'OTAN. Propriété de l'Union des Marais, le Canal participe aujourd'hui à la gestion des niveaux d'eau et à l'irrigation des prairies et cultures du Sud-Loire. Il est surtout un lieu de loisirs, de détente et de promenade, très fréquenté au printemps et en été. L'Association Culturelle du Canal Maritime (ACCAM) participe à la mise en valeur, à la rénovation et l'accueil du public dans un patrimoine bâti exceptionnel (machineries de la Martinière et des Champs Neufs).
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Les îles de Loire étaient réputées pour la qualité et la forte production fourragère de leurs prairies. Jadis, on y accédait à l'aide de vastes embarcations à fond plat : les "toues" qui permettaient aussi le transport du bétail, du foin ou des roseaux coupés. Une gestion fine des niveaux d'eau, à l'aides de vannes et de douves, régulait les apports d'eau et d'alluvions sur les îles. De nombreuses maisons de pierre témoignent aujourd'hui encore de l'intense activité agricole qui a existé en ces lieux. L'endiguement et la chenalisation de l'Estuaire sont toutefois à l'origine d'importantes modifications : atterrissement progressif des anciens bras de Loire, abaissement de la ligne d'eau, augmentation importante des dépôts vaseux, et remontée d'eau saumâtre de plus en plus salée vers l'amont. Certains secteurs ont par ailleurs été remblayés et drainés dans l'optique de projets industrialo-portuaires, à Donges-est ou au Carnet notamment. Affectés au Port Autonome de Nantes Saint-Nazaire ou acquis par le Conseil Général de Loire-Atlantique dans le cadre de sa politique industrielle, une part importante de ces terrains sont aujourd'hui propriété du Conservatoire du Littoral. Avec plus de 2 600 hectares sur les deux rives, ce dernier est devenu un acteur incontournable de la protection des espaces naturels dans l'Estuaire de la Loire.
